يعود تاريخ ضريح شينكوكو إلى عهد الإمبراطور يورياكو (أواخر القرن الخامس) عندما قام مونونوبي نو أوموراجي بتكريم سلفه نيجيهايهينوميكوتو، وبعد ذلك قامت عائلة مونوب نو كاراكوني نو موراجي بحماية ضريح شينكوني، وأصبح يطلق عليه "" ضريح كاراكوني." خلال فترة موروماتشي، تبرع موتوكوني هاتاكياما، حارس كاواتشي، بـ 200 كوكو وقام بتكريس إله كاسوغا من ضريح كاسوغا تايشا في نارا. لاحقًا، في عهد أودا نوبوناغا، تم تدمير الضريح بنيران عسكرية، وفي عام 1908 (ميجي 41)، تم أيضًا تكريس ضريح ناغانو القريب. لذلك، فإن الآلهة الثلاثة المقدسة هي نيغيهايهينوميكوتو، مؤسس عشيرة مونونوبي، وأمينوكوياني-نو-ميكوتو، إله كاسوغا، وسوسانو-نو-ميكوتو. الطريق الطويل المؤدي إلى الضريح مغطى بالأشجار، وقد تم اختياره كواحد من "أفضل 100 منطقة خضراء" في المحافظة.